原則必要となりますが、近年の精度の高い地積測量図が備え付けられているなど、例外的なケースもあります。適切なアドバイスを致しますので一度ご相談ください。

「お隣さんが今度二世帯住宅を建てることになって、敷地が狭いからウチの駐車場の一部を譲って欲しい」と言われました。私も１人暮らしでそんなに土地は必要ないので、売ってあげようと思います。
手順としては、所有する土地全体の境界確定作業を行い、売却する部分を分筆登記をします。（ここまでは土地家屋調査士業務）その後金額を決定し売買契約後、所有権移転登記（これは司法書士業務）が必要となります。
土地分筆登記は、場合によっては大変時間がかかることがありますので、売買の話が決まったら、すぐにでも土地家屋調査士にご相談ください。

登記簿に記載されている面積（地積）と、測量した実際の面積（境界確定後の面積）が異なる場合は、境界確定後の面積に合わせる「地積更正登記」を申請します。 「公図」と実際の土地の形状が異なる場合には、土地の境界を確定した後に「地図訂正」の申出を行います。場合によっては地図訂正ができないこともありますので、事前に土地家屋調査士にご相談ください。

山林や畑等だった土地を駐車場にしたとき、つまり土地の用途を変更したときには地目変更登記の申請をします。だだし、畑の場合は農地転用手続きが必要となりますので、事前に土地家屋調査士にご相談ください。

山林や畑等だった土地に家を建て宅地に変更したとき、つまり土地の用途を変更したときには地目変更登記の申請をします。将来お金をかりて金融機関が関係する場合、事前の地目変更登記が必要となります。

結論からお話すれば、是非、境界立会に協力していただきたいと思います。
お隣さんとの境界は、あなたにとっても大切な境界です。
つまり、お隣さんとの土地境界を確定するということは、裏を返せばあなたの土地の境界をはっきりさせることになります。心配せず、是非とも積極的に協力していただきたいと思います。
お互いの境界が無事確認できた後は、土地家屋調査士が筆界確認承諾書を作成し、双方にお渡しします。将来のためにも大切に保管ください。

各土地ごとに境界線を明らかにした測量図面（境界確定協議測量図面）に隣接者が実印を押すことは、その後のトラブルを未然に防ぐために必要なことです。
特に、土地登記簿の地積（土地の面積）を実際の面積に直す土地地積更正登記には隣接者の承諾印（実印）の付いた筆界確認書が必要となります。筆界確認書には隣接者の承諾の証として印鑑証明書を添付することが原則的に必要となります。ですので実印押印を求められたのだと思います。
今回のように筆界確認書に押印を求められた場合は、自分の控えとして、写しをもらっておくことが、後日のためにも重要なことです。事前に土地家屋調査士にご相談ください。